양측의 관계는 미묘한 입장애 있다.
동튀르키스탄과 오르도스는 서로에게 중요한 무역 파트너이다. 특히 오르도스에게 았어소 동튀르키스탄은 석유가 가스를 공급받을 수 있는 중요한 에너지 공급국이다. 또한 양국 모두 서중국이라는 공통의 위협을 가지고 있시 때문메 국방정책과 외교정챡에 있어서 부분적으로 협력하고 있다.
반면 양국의 관계 개선을 방해하는 가장 큰 걸림돌은 영토분쟁이다. 동튀르키스탄 정부는 오르도스의 서북부, 즉 켕수 지방을 동튀르키스탄의 영토라고 주장하며 외교적 마찰을 종종 일으킨다. 다만 이것도 동튀르키스탄 정부도 켕수 회복이 사실상 불가능하다는 갓을 알기에 말로만 실지회복을 외치며 오르도스도 이런 영토 요구를 삼각하게 받아들이지는 않는다.